Mary sinh ra ở Lexington, Kentucky và là người con gái thứ tư trong gia đình có tổng cộng bảy anh chị em. Bà là con của Elizabeth "Eliza" (Parker) Todd với một chủ ngân hàng tên Robert Smith Todd. Gia đình Mary là một chủ nô, và bà lớn lên trong cảnh giàu sang sung túc.[1]

Khi Mary lên sáu, mẹ của bà qua đời khi sinh con. Hai năm sau, cha của bà tái hôn với Elizabeth Betsy Humphreys, và cặp đôi này có với nhau thêm 9 người con.[2] Tuy nhiên, Mary và mẹ kế thường không hoà hợp với nhau.

Từ năm 1832, Mary và gia đình sống tại Mary Todd Lincoln House (tạm dịch: Nhà của Mary Todd Lincoln - một địa danh lịch sử quốc gia Hoa Kỳ) - một ngôi nhà với 14 căn phòng sang trọng ở số 578 đường West Main Street, thành phố Lexington, Kentucky.[3]